项目文章|赫捷院士团队nature子刊揭示METTL3以m6A依赖的方式调控食管鳞癌
目前已有多篇m6Am文章在高分期刊进行了报道(如表1),2017年《Nature》上发表了一篇m6Am在5‘端修饰影响mRNA稳定性的文章,说明了m6Am在mRNA修饰在生命过程中的重要作用。但针对m6Am修饰的研究仍有很大空缺,云序基于m6Am在mRNA上帽端修饰的特点开发出了m6Am-exo-seq技术,可高效准确的鉴定m6Am的修饰位点及修饰水平,为想要研究m6Am RNA修饰的客户提供坚实的技术基础!
A. 技术原理
首先将RNA样品片段化为200nt左右的片段,利用5‘外切酶消化不包括帽子结构的RN**段,使具有帽子结构的RN**段富集。然后对富集的RN**段进行m6A抗体的免疫沉淀反应,从而富集发生m6Am修饰的RN**段。对IP富集的产物进行PCR扩增及纯化,纯化后进行文库质检,之后上机测序。根据测序结果分析m6Am甲基化富集峰情况。
B.m6Am-exo-seq流程
C.m6Am-exo-seq质控
1. RNA定量质控
使用 NanoDrop ND-1000 仪(Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA)测量每个样品 的RNA浓度。以OD260/OD280值作为RNA纯度指标。使用变性琼脂糖凝胶电泳测量 RNA 完整性和 gDNA 污染。
2. 文库2100质控
通过Agilent生物分析仪对测序文库进行质控。
3. 测序Q30质控
4. 测序Read统计
D. m6Am甲基化测序数据展示
1. 甲基化位点识别
chr:甲基化位点(峰)所在的染色体号
Start:甲基化位点(峰)在基因组上的起始坐标
End:甲基化位点(峰)在基因组上的终止坐标
Peak ID:甲基化位点的编号
Score:甲基化位点的得分
PeakLenght:甲基化位点的长度
fold_enrichment:富集倍数
FDR:甲基化位点的 FDR
2. 差异甲基化位点识别
chr:甲基化位点(峰)所在的染色体号
Start:甲基化位点(峰)在基因组上的起始坐标
End:甲基化位点(峰)在基因组上的终止坐标
Peak ID:甲基化位点的编号
Score:甲基化位点的得分
PeakLenght:甲基化位点的长度
Foldchange:差异甲基化位点差异倍数
FDR:甲基化位点的 FDR
3. 差异甲基化基因GO分析
E.m6Am-exo-seq样品要求
RNA: > 30-300 ug
血浆:> 5 mL
细胞:> 2 x 107
组织:> 100 mg
其他样品类型咨询021-64878766当地销售
题目:PCIF1催化m6Am mRNA甲基化调控基因表达
发表期刊:Molecular Cell
影响因子:17.97
文章链接:PCIF1 catalyzes m6Am mRNA methylation to regulate gene expression
mRNA修饰在调控基因表达中起着重要作用。其中m6Am是RNA修饰中一种丰度的修饰类型。本文中作者证明m6Am是由磷酸化的CTD作用因子1(PCIF1)介导的较为保守的mRNA修饰,它催化位于mRNA 5'端的RNA发生m6Am修饰。此外,PCIF1在体外和体内只催化5 端' m6Am的甲基化,而不催化m6A的内部甲基化。为了研究m6Am的生物学作用,作者利用m6Am-exo-seq表现了其转录组范围内的m6Am修饰情况,结果发现m6Am不会改变mRNA的转录或稳定性,但会对甲基化mRNA的帽依赖性翻译产生负面影响。因此本文鉴定了唯一的人类m6Am mRNA甲基转移酶PCIF1,并证明了PCIF1介导的m6Am mRNA甲基化的基因调控机制。
优势二:至今完成4000+例RNA修饰测序样本,全面覆盖医口、农口等各类样本。
优势三:全面检测mRNA和各类非编码RNA(circRNA,lncRNA,Pri-miRNA等)。
优势四:独家提供RNA修饰一站式服务:RNA修饰整体水平检测、RNA修饰测序、MeRIP-qPCR验证、
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